環境変数にWindows SDKのincludeフォルダとlibフォルダを登録しておかないとコンパイルエラーが出まくるらしい。ということで↓こんな感じにしたらbootstrap.batは正常終了した。現在コンパイル中。
set INCLUDE=C:\Program Files\Microsoft SDKs\Windows\v7.0\Include;%INCLUDE%
set LIB=C:\Program Files\Microsoft SDKs\Windows\v7.0\Lib;%LIB%
bootstrap
bjam --build-type=complete